De Afscheiding stoelt op het gereformeerd-piëtistische gedachtegoed, dat sinds de 17e eeuw wijd verbreid is onder de bevolking. De nadruk ligt op de persoonlijke geloofsbeleving en de leer van de uitverkiezing.

De Afscheiding keert zich tegen de invoering van het Algemeen Reglement 1816, waarin onder andere werd bepaald dat de koning het hoofd van de kerk is, en noviteiten als de evangelische gezangen.

Als beweging tegen de liberale, rationeel denkende predikanten, die klassieke geschriften over de belijdenis links laten liggen, grijpen dominee Hendrik de Cock en zijn medestander dominee Hendrik Peter Scholte terug op een strenge, calvinistische geloofsbelijdenis. Zij spreken de bij het volk geliefde ‘tale Kanaäns’. Vanwege deze denkbeelden komt het in 1833 tot een schorsing van De Cock door de classis Middelstum en in het jaar erna tot een uittreding uit de kerk. 

In de jaren 1834-1840 sluiten predikanten en leden van 45 gemeenten in de provincie zich aan bij De Cock en stichtten de Christelijke Afgescheiden Gemeenten. In 1841 erkent koning Willem II de gemeenten als een zelfstandig kerkgenootschap.