Omstreeks 1500 horen verreweg de meeste christenen bij de Rooms-Katholieke Kerk. In de provincie Groningen zijn maar liefst 34 kloosters gevestigd. De paus van Rome heeft het binnen de kerk voor het zeggen. Maar er broeit wat.
In 1517 spijkert Maarten Luther (1483 - 1546), volgens de overlevering, zijn 95 stellingen op de deur van de slotkapel van Wittenberg in Duitsland. In het Latijn, dat wel, dus voor de gewone man waarschijnlijk niet te lezen. Luther, begonnen als augustijner monnik, maar inmiddels hoogleraar in de moraaltheologie aan de universiteit van Wittenberg, wil misschien alleen de discussie binnen de kerk aanzwengelen, maar we weten nu dat zijn daad gezien wordt als het begin van wat we de Reformatie noemen.

Luther heeft pittige kritiek op de kerkleiding. Hij verwijt deze haar macht, over de rug van de gelovigen, te misbruiken om zichzelf te verrijken. Paus Leo X is woedend en geeft Luther zestig dagen de tijd om te stoppen met preken en schrijven, zijn geschriften te verbranden en zijn dwalingen te herroepen. Luther weigert. Wat volgt is de onvermijdelijke excommunicatie, wat een afschrikwekkend voorbeeld moet zijn voor Luther en al zijn medestanders. Maar de beer is los. Waarschijnlijk sudderde het onderhuids al veel langer. Vele kloosterlingen verlaten de kloosters. Luther richt een nieuw kerkgenootschap op en om de kerkleer dichter bij de mensen te brengen vertaalt hij in de jaren 1521/22 de bijbel in de volkstaal, het Duits.

Huis van het Nieuwe Licht

Ondertussen wordt er in Westerwolde sinds 1465 druk gebouwd aan een klooster voor de orde van Kruisheren: Domus Novae Lucis, het Huis van het Nieuwe Licht. Een gebouw in carrévorm met een kapel en met vele bijgebouwen zoals een poortgebouw, watermolens, een perkamenthuis, bak- en brouwhuis en een gastenverblijf voor passerende reizigers.
Het zijn roerige tijden door oorlogen om de macht in Europa, maar ook door de ontstane godsdienststrijd en de vele vervolgingen. In het Heilige Roomse Rijk (nu Duitsland) weet het protestantisme zich desondanks snel te verbreiden, maar in de Nederlanden worden de aanhangers van de nieuwe leer streng vervolgd. In 1550 vaardigt de Spaanse koning zelfs een verbod uit op het protestantisme.

Beeldenstorm

In 1566 raast de Beeldenstorm vanuit het zuiden door de Nederlanden. Protestanten en armen vernielen kerken en kloosters. In de provincie Groningen worden beelden en misboeken vernield. Ook het oorlogsgeweld bereikt Westerwolde, in 1568 wordt de Slag bij Heiligerlee uitgevochten. Klooster Ter Apel wordt dan nog gespaard.
De oproep van Luther, 50 jaar eerder, om het geloof te vinden in de bron, de Bijbel, heeft tot gevolg dat er nog meer afsplitsingen ontstaan, niet alleen van de Rooms-Katholieke Kerk, maar ook van zijn eigen Lutherse Kerk. Een belangrijke afsplitsing, die veel aanhangers krijgt in de Nederlanden, wordt gevormd door de wederdopers. In de tweede helft van de 16e eeuw ontstaat een derde belangrijke stroming, het calvinisme, die zich vanuit het zuiden over het land verspreidt.

Aan het einde van de 16e eeuw, midden in de Tachtigjarige Oorlog, komt Klooster Ter Apel echt in oorlogsgebied te liggen. Als dan in 1593 Willem-Lodewijk van Nassau Westerwolde verovert, wordt het Spaanse katholieke juk afgeworpen en de gereformeerde kerk naar calvinistisch model als enige toegestane kerk ingevoerd.
Een grondige vernieling van katholieke elementen blijft in veel Groningse kerken uit. Men volstaat met het witkalken van muur- en plafondschilderingen: 'het reine wit der Reformatie'. Men hangt doeken voor eeuwenoude fresco's. En door bijvoorbeeld een altaarblad als stoepsteen voor de kerkdeur te leggen, kan men zijn minachting voor de roomse kerk ook wel laten blijken: de kerkgangers vegen er hun voeten aan af.

Wonder boven wonder blijft Klooster ter Apel gespaard. Stad Groningen koopt het in 1619 en de kloosterkerk wordt een gereformeerde kerk. Katholieke priesters mo­gen hun ambt niet meer uitoefenen. De laatste prior van Klooster Ter Apel wordt de eerste predikant, zoals veel van zijn ambtsgenoten in Westerwolde ook de overstap maken naar de gereformeerde kerk.
De Reformatie verloopt in onze regio zonder geweld en heel geleidelijk, gewoon op zijn Westerwolds.