Sonoy was geboren te Kalkar aan de Nederrijn, nam in 1566 deel aan het Compromis der Edelen dat om vrijheden voor de gereformeerde religie vroeg, en zag zich in het volgende jaar genoodzaakt uit te wijken. In 1572 werd hij door Willem van Oranje tot gouverneur van Enkhuizen benoemd. Van daaruit veroverde hij Medemblik, Hoorn en andere plaatsen. Van 1572 tot 1588 was hij gouverneur van Hollands Noorderkwartier, waar hij oorlog voerde tegen de Spanjaarden. In het ontzet van Alkmaar (‘Van Alkmaar begint de victorie’, 1573) had hij een belangrijk aandeel.

Beul

Opmerkelijk was de wreedheid waarmee hij optrad tegen de katholieken en degenen die hij ervan verdacht met de vijand te heulen. In deze tijd kreeg hij te maken met de Spaanse kolonel Francisco Verdugo, die toen gouverneur van Haarlem was. Sonoy en Verdugo schreven elkaar brieven waarvan de omslachtige beleefdheid in schril contrast staat met de schampere en bittere verwijten die deze tegenstanders elkaar tegelijkertijd maakten. Sonoy wees er onder meer op dat Verdugo zijn naam ten volle waarmaakte (het Spaanse woord ‘verdugo’ betekent onder andere ‘beul’).

Door het Groningerland

Tussen 1575 en 1580 diende Sonoy de graaf van Rennenberg en veroverde Kampen en Deventer voor de Staten. Nadat Rennenberg in 1580 samen met de stad Groningen de zijde van koning Filips II en het katholicisme had gekozen, bestreed Sonoy zijn voormalige superieur. Daarbij maakte hij kennis met Groningerland. Willem van Oranje stuurde hem naar Coevorden en Wedde om de toegangen naar Groningen af te snijden. In verband hiermee begon Sonoy met de aanleg van een schans te Bourtange. Nadat Staatse troepen zich bij Hardenberg door een koningsgezind hulpleger hadden laten verrassen (juni 1580), trok Sonoy zich samen met de rest van het Staatse leger uit Groningerland terug.

Slag bij Noordhorn

Een jaar later had Dirk Sonoy een belangrijk aandeel in de verovering van Friesland op de koningsgezinden. Op 19 juli 1581 wist hij bij Visvliet een koninklijke strijdmacht te verslaan. Aan deze successen kwam een einde door de slag bij Noordhorn (30 september 1581). In de Staatse legermacht die hier—door Verdugo!—vernietigend werd verslagen, vochten ook negen vendels van Sonoys Noordhollandse regiment mee.

Wantrouwen

Nadat de 18-jarige Maurits van Nassau in 1585 stadhouder van Holland en Zeeland en kapitein-generaal van de troepen was geworden, weigerde Sonoy de nieuwe leider trouw te zweren. Net als de meeste overtuigde gereformeerden, wantrouwde hij de Hollandse regenten en beschouwde hij mensen als Maurits, Willem Lodewijk en Filips van Hohenlohe als hun instrumenten. Dezen heulden in het geheim met de vijand, zo meende hij. Trouw aan deze lijn koos hij in het conflict tussen de Staten-Generaal en de graaf van Leicester voor de laatste.

Lastig

Terwijl de uitgeweken Ommelander heren en Willem Lodewijk plannen maakten voor een inval in Groningerland (zomer 1587), was Leicester samen met Dirk Sonoy bezig een coup voor te bereiden tegen de Staten-Generaal, graaf Maurits van Nassau en de Hollandse advocaat Johan van Oldenbarnevelt. Leicesters opzet mislukte, maar ook na het vertrek van de Engelse gouverneur probeerde Sonoy zich in het Noorderkwartier te handhaven. Maurits belegerde hem in Medemblik, maar er moest Engelse bemiddeling aan te pas komen om Sonoy ertoe te brengen Maurits de stad binnen te laten. Omdat de Staten van Holland van de lastige Sonoy af wilden en deze ook zelf niet langer in Staatse dienst wenste te blijven, kreeg hij zijn ontslag en emigreerde met zijn gezin naar Engeland. Daar kreeg hij van koningin Elizabeth een stuk overstroomd land dat hij met kolonisten uit Noord-Holland bruikbaar probeerde te maken.

Laatste jaren

Enkele jaren later verhuisde hij naar het Oostfriese Norden, maar nadat Groningen door het Staatse leger was veroverd, ging hij op de borg Dijksterhuis in Pieterburen wonen. Daar overleed hij op 2 juni 1597 aan een beroerte. Dat Dirk Sonoy zijn laatste jaren op Dijksterhuis sleet was geen toeval: het huis Dijksterhuis of Ten Dijke behoorde toe aan zijn schoonzoon Luert Manninga. Halverwege de zestiende eeuw was de Pieterbuurster borg in handen gekomen van Hayo Manninga, een hervormingsgezinde jonker die uit Oost-Friesland afkomstig was. In het jaar 1585, hetzelfde jaar waarin Sonoys enige dochter Emerentiana met Luert Manninga was getrouwd, was ook Dirk Sonoy zelf een (tweede) huwelijk aangegaan met een vrouw uit Groningerland: Johanna de Mepsche, dochter van Roelof de Mepsche (van Meyma te Rasquert) en Ode Tamminga.

Diederik Sonoy is begraven in de kerk te Pieterburen, waar een rouwbord aan hem herinnert.